Las lagunas han venido a incrementar la calidad ambiental del curso bajo del Jarama. El total de los humedales del Parque del Sureste ocupan más de 400 hectáreas, con tamaños y estados de conservación altamente heterogéneos.
Las graveras naturalizadas del Parque del Sureste son lugares de altísimo valor ecológico, únicos en nuestra región. Su número, riqueza en fauna y vistosidad paisajística los convierte en magníficas aulas al aire libre.
En el parque del Sureste se han censado un total de 123 humedales que en su mayor parte tienen su origen en antiguas actividades mineras de áridos, tan sólo un 6,5% tienen un origen natural y 7 son charcas asociadas a manantiales. El destino de los humedales y su evolución han sido muy heterogéneos. Aquellos que se encontraban en los lugares más apartados y, especialmente, en el interior de fincas privadas, han tenido la mejor evolución al amparo de una cierta protección. Son los casos de Porcal (Rivas), Picón de los Conejos y el Soto (Velilla de San Antonio), Arriadas (Ciempozuelos),...
Algunas se han restaurado como espacios de uso social o recreativo: las Madres en Arganda (que en su momento eran una serie de lagunas que se utilizaban como vertedero), el Raso en Velilla, el Campillo en Rivas, Las lagunas de la Presa del Henares, la laguna de San Martín de la Vega, etc.
AVES:
Es con seguridad el grupo mejor representado y el que aporta mayor riqueza, y también es el mejor estudiado. En el Parque se han censado más de un centenar de especies diferentes, casi la mitad tienen carácter sedentario. Como curiosidad, 6 son especies exóticas que se han adaptado. Existen parejas nidificantes de notable valor, como la garza imperial (Ardea purpurea), el avetorillo (Ixobrychus minutus), el aguilucho lagunero (Circus aeruginosus) o el bigotudo (Panarus biarmicus). Otras especies son de notable rareza, como el calamón (Porphyrio porphyrio). Los contingentes mayores corresponden a fochas (Fulica atra), pollas de agua (Gallinula chloropus), somormujos lavancos (Policeps cristatus), zampullines chicos (Tachybaptus ruficollis),ánade real (Anas platyrhynchos), etc.
Es durante el invierno cuando las lagunas adquieren mayor relevancia ornitológica. Las aves las utilizan como área de invernada, reposo y alimentación. En esta época es posible encontrar garzas reales (Ardea cinerea), garcillas bueyeras (Bubulcus ibis), cormoranes grandes (Phalacrocorax carbo), agachadizas comunes (Gallinaco gallinaco), avefrías (Vanellus vanellus), andarríos grandes (Tringa ochropus), patos cuchara (Anas clypeata), cercetas comunes (Anas crecca), patos colorados (Netta rufina), porrones comunes (Aythia ferina)... y una gran cantidad de gaviotas, reidoras (Larus ridibundus), y sombrías (Larus fuscus). Además de la presencia ocasional de malvasías (Oxyura leucocephala), porrón pardo (Aythia niroca) o garcilla cangrejera (Ardeola ralloides).
PECES:
La fauna ictícola es más limitada, aunque se puede decir que gracias a las lagunas se pueden aun localizar algunas de las especies que antaño poblaban el curso del Jarama y sus afluentes, tal es el caso de la boga de río (Chondrostroma polylepis) o el barbo común (Barbus bocagei).
En total el Parque alberga 16 especies de peces, de las que 10 son foráneas, introducidas artificialmente por pescadores, algunas tan singulares como la trucha arco-iris (que sobrevive en Las Madres, a pesar de sus exigencias de calidad de aguas), black-bass (Micropterus salmoides), o lucio (Exos lucius). La última "novedad", poco afortunada, es la aparición de algún ejemplar de siluro (Silurus glanis), una especie que puede alcanzar tamaños descomunales.
REPTILES Y ANFIBIOS:
Las citas de especies herpertológicas son escasas en el territorio del Parque, se tiene constancia de algunas, pero es un campo poco investigado. Se tiene constancia de 10 especies de anfibios y 1 de reptiles, entre los que incluimos al galápago leproso (Mauremys leprosa), una especie calificada como vulnerable en el Catalogo Regional de Especies Amenazadas de la CAM, la o la culebra viperina (Natrix maura) muy abundante en lagunas, o la culebra de collar (Natrix natrix) con poblaciones muy amenazadas, etc.
FLORA:
La vegetación más abundante de los humedales en estos enclaves es la palustre, además de algunos árboles y arbustos propios de suelos encharcadizos, como los sauces, chopos y tarays. La vegetación más frecuente en las franjas de vegetación en torno a las graveras es el carrizo (Phragmites australis), una gramínea que puede alcanzar los 4 metros, y que llega a crear una auténtica barrera entre la tierra firme y la lámina del humedal. Los rizonas pueden alcanzar los dos metros de profundidad dentro del agua. A partir de ese punto es sustituido por espadañas (Typha latifolia y Typha angustifolia). También es posible encontrar ejemplares de caña común (Arundo donax) y junco (Scirpus holoschoenus, juncus acutus...).
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